Es gibt ganz viele Dateisysteme. Auf Windows kann FAT(32) oder NTFS verwendet werden. Auf Linux wird EXT(3) verwendet und das Apple Mac Dateisystem nennt sich "HFS".
Hier ein Vergleich von NTFS und FAT32:
Bei der NTFS Partition sind deutlich mehr Optionen verfügbar. Diese tragen unter anderem zur Datensicherheit bei.